Islah ve Genetik Bölümü


Genetik Bölümü, Enstitümüzün 1998 yılında “Merkez Enstitü” statüsü kazanmasıyla kurulan bölümlerden birisidir. Son yıllarda moleküler genetik uygulamaları birçok farklı disiplinler ile (Tıp, Eczacılık, Veterinerlik, Tarım, Orman, Gıda, Çevre, Endüstri, Enerji kadar) entegre olmuş ve kullanımı büyük bir ivme kazanmıştır.  Su ürünlerinde biyo-teknolojik uygulamalar, ıslah ve melezleme ile üstün özellikte türlerin geliştirilmesi, hastalık ve çevresel şartlara dayanıklı hatlar elde etmek vb. amaçlar için moleküler genetik uygulamalar kullanılmaktadır. Ülkemizde, tarım sektörüne özellikle de su ürünlerine yeni yerleşen bu çalışmaların, sektörün rekabeti açısından önemi büyüktür. Bu nedenle Biyoteknoloji ve Gen Teknolojileri Stratejisi kapsamında belirlenen ulusal hedefler dikkate alınarak çalışmalar planlanmaktadır.

Bölümün çalışma konuları arasında; deniz ve iç sulardaki gen kaynaklarımızın korunması amacı ile yerli tür ve popülasyonların moleküler düzeyde tanımlanması, ülke çapında uygun envanterin çıkarılması ve kullanılabilir veri bankası oluşturulması, yerli tür ve popülasyonların saptanması amacıyla uygun metotlarının belirlenmesi ve gen teknolojilerine dayalı moleküler tanı yöntemlerinin belirlenmesi, su ürünleri gen kaynaklarının in situ, ex situ, in vivo, in vitro muhafazası çalışmaları yürütülmesi, su ürünlerinde ıslah ve melezleme ile moleküler genetik ve biyoteknolojik yöntemlerin kullanılması sayesinde ekonomik değeri yüksek hayvanların geliştirilmesi yer almaktadır.

Bunun yanında Dünyada su ürünleri konusunda ki diğer uygulanmalar takip edilerek bunların sektöre kazandırılması amacı ile teknik ve altyapı desteği sağlanması ve su ürünleri sektöründe genetik uygulamalar konusunda farkındalık oluşturmak hedeflenmektedir. Bu sayede su ürünlerinin farklı faaliyetleri olan hastalık, yetiştiricilik, avcılık, işleme ve değerlendirme başta olmak üzere merkezi yönetimin (adli, ithalat ve ihracat gibi) farklı uygulamalarda ihtiyaç duyabileceği konular vurgulanarak uluslararası çalışmalarda ülkesel ihtiyaçlara çözüm üretebilecek “su ürünleri genetik merkezi” vizyonu belirlenmiştir.

Çalışmalar, personel ve donanım yönünden takviyesi yapılarak modern laboratuvar haline gelmiş olan Genetik Laboratuvarın da yürütülmektedir. Balıklar üzerine moleküler genetik teknikler kullanılarak populasyon genetiği (mikrosatellit, RFLP, sekans analizi) ve filogenetik çalışmalar (sekans analizi) yürütülmektedir.

Çalışılan bazı balık türleri; Kahverengi Alabalık (Salmo trutta), Karadeniz alabalığı (Salmo trutta labrax), Gökkuşağı Alabalığı (Oncorhynchus mykiss), Mersin balıkları (Acipenser guldenstaedtii, Acipenser stellatus ve Huso huso), Pisi Balığı (Platichthys flesus luscus), Mavruşgil (Sciaena umbra), Kötek (Umbrina cirrosa), İnci Kefali (Chalcalburnus tarichi), Kalkan balığı (Psetta maxima) ve Hamsi (Engraulis encrasicolus) dir.



Bağlı Birimler:

Genetik Laboratuarı:
2001 yılında Kahverengi Alabalık (Salmotrutta L.) Popülasyonlarının Genetik Yapısının Belirlenmesi Projesi kapsamında genetik laboratuvarının oluşturulmasına başlanmıştır. 2002 yılından itibaren gerekli malzemeleri alınmaya başlanılan bölüm; 2003 yılından itibaren de aktif olarak çalışmaya başlamıştır. Enstitü imkânları ile donanım yönünden gelişen, personel takviyesi yapılan laboratuvar; günümüz itibarı ile altyapısı oluşturulmuş modern laboratuvar haline gelmiştir. Balıklar üzerine moleküler genetik teknikler kullanılarak populasyon genetiği çalışmaları ve filogenetik çalışmalar yürütülmekte ve bu konuda hem enstitü bünyesinde yürütülen projelerde görev alınmakta, hem de talep halinde kamu ve özelkuruluşların taleplerine çözüm üretilmektedir.
 
İnkübatör ve Su Banyoları
İnkübatör ve su banyoları yapılan farklı çalışmalar için kullanılmaktadır. DNA ekstraksiyonunda doku homojenizasyonu için kullanılabildiği gibi RFLP analizi gibi analizlerde farklı enzimlerin farklı sıcaklık isteklerinin karşılanmasındada kullanılmaktadır.
 
Nükleik Asit Ekstraksiyon
Nükleik asitekstraksiyonunda fenol-kloroform yöntemi gibi klasik yöntemlerin yanı sıra ticari kitlerde kullanılmaktadır. Klasik yöntemlerle ekstraksiyon işlemleribiyogüvenlik kabini içerisinde yürütülmektedir. Ticari kitlerle yapılan ekstraksiyonlardason yıllarda robotlarda (Qiacube) kullanılmaya başlanmıştır. Homojenizasyonu tamamlanan dokuların robota konulması ile spin kolon yöntemi ile ekstraksiyon gerçekleştirilmektedir. Birçok uygulama için kaliteli ürün elde edilebilmektedir. Elde edilen ürünler spektrofotometre (BIO-RAD, TheSmartSpec Plus) yardımı ile değerlendirilmekte yoğunluk ve kalitesi belirlenmektedir.
 
Isı Döngü Cihazları (Termal Cycler -PZR)
PZR uygulaması birçok çalışmada kullanılır duruma gelmiştir. Bölüm çalışmalarında ilk olarak diğer bölümlere ait cihazlar kullanılır iken daha sonra gradientli ve Real time olmak üzere farklı özelliklerde cihazlar laboratuvara kazandırılarak kullanılmaktadır. PZR tabanlı uygulamaların farklı amaçlar için etkin kullanılmasına yönelik çalışmalar devam etmektedir.
 
Elektroforez ve Görüntüleme Sistemi
Elde edilen ürünlerin görüntülenmesi ve değerlendirilmesi elektroforetik yöntemlere kullanılarak yapılmaktadır. Yatay agaroz jel elektroforezleri bu amaç için kullanılmaktadır. 2 tane küçük 1 tanesi büyük olmak üzere toplam 3 adet yatay agaroz jel elektroforez ünitesi bulunmaktadır. Ayrıca etidyumbromidle boyanan DNAların görüntülenmesinde ise jel görüntüle sistemi (Biostep, Darkhood DH-30/32) ve termal yazıcı (Mitsibushi, P91D)kullanılmaktadır.
 
Muhafaza  (DNA ve Enzim)
Elde edilen DNAlar, PZR ürünleri ve kullanılan enzimler özelliklerine göre farklı sıcaklıklarda muhafaza edilmektedir. Bu amaç için 1 adet buzdolabı (+4 oC ve -20 oC), 2 adet derin dondurucu (- 20 oC ve – 80 oC) kullanılmaktadır.


''